Der gebürtige Wiener studierte an der Universität für Musik und darstellende Kunst Wien Cembalo, Klavier, Komposition und Musikpädagogik sowie an der Schola Cantorum Basiliensis Cembalo, Hammerklavier und Generalbass. Es folgte eine vielfältige internationale Konzerttätigkeit als Solist, Kammermusikpartner und Continuospieler.

Seit 2004 arbeitete Stefan Gottfried regelmäßig mit Nikolaus Harnoncourt zusammen. 2015 übernahm er gemeinsam mit Erich Höbarth und Andrea Bischof die Leitung des Concentus Musicus Wien und dirigierte seither Konzert- und Opernproduktionen u.a. im Großen Saal des Wiener Musikvereins, bei den Barocktagen Stift Melk und am Theater an der Wien. Konzerttourneen führten ihn u.a. in die Kölner Philharmonie, die Seine Musicale Paris und die Wigmore Hall London.

Er ist Professor für Historische Aufführungspraxis und Leiter des Instituts für Alte Musik an der Universität für Musik und darstellende Kunst Wien.