Jonathan Rubin est né à Sydney. Il commence sa carrière musicale comme guitariste. En 1973, l’Australia Council lui octroie une bourse pour étudier à la Schola Cantorum Basiliensis, où il obtient un diplôme de musique ancienne en 1977. Depuis, il se perfectionne comme continuiste au luth, théorbe et guitare baroque. De 1976 au 1982, il prend part à plus de 500 concerts du cycle Monteverdi dirigé par Nikolaus Harnoncourt et mis en scène par Jean-Pierre Ponnelle, production présentée dans de nombreux festivals européens, et qui a fait l’objet d’un enregistrement et d’une captation filmée. De 1980-2017, il enseigne le luth au Conservatoire de Musique Supérieure de Genève, ensuite la Haute Ecole de Musique de Geneve, et, plus récemment au Centre de Musique Ancienne de Genève et au Conservatoire Populaire de Musique. Il donne aussi des cours d’interprétation en Israel, Allemagne, Australie et Hong Kong. Il a publié plusieurs éditions pour luth chez Tree Edition d’oeuvres de Purcell, Weiss, Satie, Débussy et Anna Magdalena Bach. Sa conception novatrice du luth est exposée dans une série d’articles de la Lute Society Newsletter. Il travaille aussi avec Michel Corboz et l’EVIL, le Freitagsakademie, Christophe Rousset et les Talens Lyriques, Marc Minkowski et Les Musiciens du Louvre, Jean-Claude Malgoire et La Grande Ecurie du Roy, Jordi Savall, Hervé Niquet, Heinz Holliger, Jill Feldman, Gabriele Fontana, etc. En 1986 il commence une collaboration régulière avec William Christie et Les Arts Florissants, notamment lors de la production du Retour d’Ulysse. Il participe à plus de 50 enregistrements pour le continuo, ainsi qu’un CD de musique pour luth et basse de viole.