Jan De Winne fait ses études de flûte moderne aux conservatoires de Bruges et de Gand. Il obtient simultanément un diplôme de musicologie et d’histoire de l’art à l’université de Gand. Par la suite, il se spécialise en flûte baroque (traverso) auprès de Barthold Kuijken au Conservatoire de Bruxelles. Il est lauréat du concours international du MAfestival à Bruges.

Il se passionne pour les flûtes anciennes et il fabrique ses propres instruments depuis 1990. Mais il est surtout actif comme musicien. Des concerts l’ont amené dans la plupart des pays européens ainsi qu’aux Etats-Unis, au Canada, au Japon. A côté de sa carrière comme soliste, il se produit avec son ensemble il Gardellino dans le monde entier. Il a également collaboré avec une grande quantité d’orchestres baroques: on peut l’entendre aussi bien comme soliste et chambriste mais également comme membre d’orchestre sur  plus de 80 enregistrements chez Harmonia Mundi, Alpha Classics, Accent et Passacaille, dont il est devenu le directeur artistique.

Jan De Winne enseigne le traverso au CNSM de Paris et la musique de chambre au Conservatoire Royal de Bruxelles.